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重磅!英国顶级专业期刊《核酸研究》发表史上最强翻译组学数据库

作为核酸范畴的顶级期刊,Nucleic Acids Research从来以严苛著称,在其上颁发的论文在国内常被作为标记性功效。此次张弓传授等主要数据库TranslatomeDB的颁发,不只表白翻译组学研究在国际生物研究范畴的领先型与立异性,更为翻译组学研究的科研专家们供给了极为强大的科研利器!

当前,翻译组学的两大次要研究手段是为正在翻译中的mRNA测序(RNC-seq)和核糖体印记测序(Ribo-seq),然而这两种尝试方式都极其坚苦,成本也十分昂扬,鲜有完整的翻译组学数据可供科研人员参考。虽然此前也具有少数Ribo-seq数据库,但其并不包含RNC-seq数据,也不包含所对应的mRNA-seq数据,因而十分局限。例如,Ribo-seq并不适合指点卵白质组的研究。此外,目前已具有的各类组学数据库,根基不具备数据阐发功能,而一般的生物学或医学工作者底子没有能力去阐发海量的测序数据。好不容易找到了几个分歧研究中的数据,却发觉他们的阐发流程完全分歧,数据没法整合阐发。

此次Nucleic Acids Research颁发的TranslatomeDB恰是针对上述问题而开辟,具有主要的里程碑意义!TranslatomeDB是目前最全的翻译组学数据库,它共包含13个物种的2453个核糖体印记测序,10个RNC-mRNA测序, 1394个mRNA测序数据集,共计3857个数据集,几乎将NCBI中所有的翻译组相关数据集一扫而光,不管是从数据集的数量仍是涵盖的物品种型来看,均可轻松秒杀其他同类型数据库!TranslatomeDB的用户体验也十分优良,各类数据集消息,包罗物种、细胞株、培育前提、测序策略等在TranslatomeDB均可轻松浏览、检索,可为科研工作者节流大量精神与成本。

与以往数据库仅仅供给数据的增删查改分歧, TranslatomeDB除了具有强大的数据集,还具备十分全面的阐发功能。学习数据库 TranslatomeDB利用FANSe算法对所有的测序数据集进行同一的mapping和定量。因为其极高的精确度、容错性和尝试可验证性,统一物种分歧研究的数据虽然仪器分歧、测序设置分歧,但都能够放到一路来比力。基于此,用户能够肆意比力两个数据集的差别表达环境,在转录组层面和翻译组层面阐发的基因表达差别。当然,作为翻译组学专业数据库,利用TranslatomeDB还能够计较出每个基因的翻译起始效率(以TR表征)和翻译延长速度(以EVI表征)。

更厉害的是,TranslatomeDB还答应用户上传本人的测序数据集(包罗RNC-seq,Ribo-seq和响应的mRNA-seq),和数据库中已收录的大量数据进行同一阐发,简单快速、傻瓜式操作,无需占用任何当地计较资本,也不需要用户具备高深的生物消息学技术。这背后,是强大的FANSe第三代算法(比FANSe2快30倍),以及贸易化的承启生物云阐发平台供给支持,学习数据库每天能阐发数万个此类数据集。此刻,他们将这么强大的能力免费贡献出来,供全世界的科学家利用。

重磅!英国顶级专业期刊《核酸研究》发表史上最强翻译组学数据库

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原创文章,作者:江小编,如若转载,请注明出处:https://jhrs.com/2018/21874.html

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